En Java no es posible hacer eso directamente, el acceso al puerto paralelo, por ejemplo, es un acceso propio del sistema operativo (acceso nativo). Para que Java pudiera realizar esa operacion debe crearse primero una llamada a una funcion nativa, luego invocarla.
Puedes guiarte haciendo clic en esta direccion:
http://www.geocities.com/Juanga69/parport/
Tambien incluye codigo fuente.