Java es un lenguaje que no tiene entorno de desarrollo (gran molestia pero vale la pena)
puedes utilizar el j builder para compilarlo pero no es recomendable usar intermediarios...
por otro lado puedes hacerlo
artesanalmente y grear un archivo bat para compilar tus archivos, una linea como:
javac %1.class
Cuando hay dependencias es necesario que las demas clases esten compiladas. Es decir que tienes que compilar la clase que no tenga dependientes primero.
Los archivos jar son archivos comprimidos que contienen los .class ya compilados, estos archivos som muy utiles para cuando subes tu pagina con applets por que se descargan rapido. Para ver los archivos que contiene necesitas un descompresor como winace, winrar, el winzip no soporta esa extension.