Holas,
Si no te funciona el boton dentro del popup (que segun entiendo desde alli llamara a un pdf), deberias de revisar las rutas, ademas recuerda que todo esto estamos hablando de projectores mas no de .swf.
Ahora lo eso de que te habra siempre en otra ventana y no en varias, no recuerdo mucho, pero no esta en la lista que coloca macromedia:
http://www.macromedia.com/cfusion/knowledgebase/index.cfm?id=tn_14280
No se porque no lo coloca, pero no me recuerdo, existia un actionscript para reconocer el handler de la ventana abierta y con ello podrias reconocer si esta abierto o no para cerrarlo y volverlo abrir.
Otra manera seria que en tu mismo projector donde esta tu lista, habras desde alli mismo una ventana popup (todo en tu projector.), y alli mismo podrias facilmente abrir en el mismo popup.
Espero poderte ayudar con eso, si tienes dudas la posteas aqui.
Saludos
Gildus