Con que motor estas trabajando? MyISAM InnoDB?
De cualquier forma no tienes que meterte con los archivos directamente (a menos que sea completamente necesario ) deja ese trabajo a MySQL.
Es altamente recomendable que los backups los hagas mediante mysqldump,
para sacar copia de una sola tabla de tu base:
mysqldump --add-drop-table -u root base_dedatos tabla > archivo.sql
Si el usuario root tiene contraseña entonces (te pedirá que escribas la contraseña)
mysqldump --add-drop-table -u root -p base_dedatos tabla > archivo.sql
Segurate que la tabla tenga el comando DROP TABLE .... IF EXISTS tabla; antes del CREATE TABLE. (archivo.sql)
Para restaurar esta tabla simplemente:
mysql -u root base_dedatos < archivo.sql