Lo que deseas hacer se llama ingenieria inversa (reverse engineering) puedes googler mysql reverse engineering.
Este programa puede servirte, lo malo es que es una version de prueba por 30 dias.
http://www.microolap.com/products/datab ... -designer/
DBDesigner (
http://www.fabforce.net/dbdesigner4/ ) tambien puede serte de gran ayuda solo que dejo de implementarse hace tiempo y no creo que funcione bien con las versiones actuales de mysql.
Por otro lado Mysql Administrator (como su nombre lo indica) es un administrador visual de MySQL. Puedes realizar basicamente tareas de administracion como crear usuarios, mantenimiento backups de bases de datos, ver usuarios conectados, reiniciar el servidor y un largo etc.
http://www.mysql.com/products/tools/administrator/