Mira, yo estoy publicando un articulo para conectar desde cualquier gestor de base de datos, que se quiera conectar con JAVA utilizando el JDBC, pero este funciona directamente con ODBC, primeramente deberas crear una linkeo con ODBC hacia tu SQL Server, y luego con ese nombre llamaras con las lineas de codigo:
Mira aqui hay un poco mas de informacion...
Conectividad con ODBC JDBC
http://www.acm.org/crossroads/espanol/x ... o2001.html
Conexión a una base de datos con JDBC
http://www.macroheavy.com/java/leccion6/leccion6.htm
Crear tu link's ODBC
http://www.programacionfacil.com/java/dos9.HTML
Bueno espero que te sirva de algo.